Jak przygotować firmę do kontroli celno-skarbowej lub podatkowej?
Kontrola celno-skarbowa lub kontrola podatkowa to stresujące doświadczenie dla przedsiębiorcy.
W tym artykule eksperci z kancelarii LITIGATO odpowiadają na najważniejsze pytania dotyczące kontroli skarbowych i doradzają, jak przejść przez cały proces z możliwie najmniejszym ryzykiem prawnym i finansowym.
Niezależnie od wielkości firmy, warto wiedzieć, jak przygotować firmę do kontroli celno-skarbowej, jakie obowiązki ma kontrolowany, jakie prawa mu przysługują oraz czym różni się kontrola podatkowa od kontroli celno-skarbowej.
Czym różni się kontrola podatkowa od kontroli celno-skarbowej?
Największe różnice między kontrolą podatkową a celno-skarbową dotyczą trybu wszczęcia, zakresu uprawnień organów oraz możliwych skutków dla przedsiębiorcy.
Kontrola podatkowa
Prowadzona jest przez urząd skarbowy właściwy dla kontrolowanego i dotyczy konkretnego zobowiązania podatkowego za konkretny okres. Jej celem jest sprawdzenie poprawności rozliczeń w danym podatku.
Kontrola celno-skarbowa
Prowadzona przez jeden z 16 wyspecjalizowanych urzędów celno-skarbowych i może dotyczyć szerszego obszaru rozliczeń podatnika, w tym rozliczeń dotyczących akcyzy i ceł. W praktyce kontrole celno-skarbowe dotyczą bardzo często prawidłowości rozliczeń w VAT i mają przeciwdziałać procederowi wyłudzania VAT.
Kontrola celno-skarbowa może zostać wszczęta bez wcześniejszego zawiadomienia o zamiarze jej przeprowadzenia.
Kto może przeprowadzić kontrolę podatkową oraz kontrolę celno-skarbową?
Uprawnionym organem do przeprowadzenia kontroli podatkowej jest naczelnik urzędu skarbowego, który działa przez upoważnionych inspektorów. W przypadku kontroli celno-skarbowej – organem jest naczelnik urzędu celno-skarbowego, a kontrolę przeprowadzają kontrolerzy.
Skorzystaj z pomocy – Doradca podatkowy Warszawa
Jak długo może trwać kontrola podatkowa oraz kontrola celno-skarbowa?
Czas trwania kontroli podatkowej uzależniony jest od rodzaju podmiotu:
- mikroprzedsiębiorca – do 12 dni roboczych
- mały przedsiębiorca – do 18 dni
- średni przedsiębiorca – do 24 dni
- duży przedsiębiorca – do 48 dni
Długość kontroli celno-skarbowej nie jest ściśle limitowana, chociaż zgodnie z literą prawa powinna zostać zakończona w ciągu 2 miesięcy. Niemniej, w praktyce kontrole celno-skarbowe ulegają przedłużeniu i niejednokrotnie trwają od kilkunastu miesięcy do nawet kilku lat, zwłaszcza w przypadku skomplikowanego stanu faktycznego.
Jakie są konsekwencje kontroli celno-skarbowej?
Skutki kontroli celno-skarbowej mogą być poważniejsze niż w przypadku zwykłej kontroli podatkowej. W szczególności brak korekty uwzględniającej ustalenia kontroli celno-skarbowej może skutkować przekształceniem kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, które zakończone zostanie decyzją określającą zobowiązanie podatkowe wraz z odsetkami oraz ewentualnym zobowiązaniem do uiszczenia dodatkowej sankcji w wysokości 10-30% zobowiązania podatkowego.
Dodatkowo, dalszą konsekwencją kontroli celno-skarbowej może być postępowanie karne skarbowe wobec osób zajmujących się sprawami gospodarczymi kontrolowanej firmy.
Czy można odmówić kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej?
Nie można odmówić kontroli podatkowej ani kontroli celno-skarbowej, o ile obie procedury zostały wszczęte zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej i dotyczą nieprzedawnionych zobowiązań podatkowych.
Jak przygotować się do kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej?
Zweryfikuj rozliczenia w zakresie objętym kontrolą, przypomnij sobie transakcje dokonywane w tamtym okresie oraz przeanalizuj złożone deklaracje podatkowe.
Następnie, upewnij się, że wszystkie deklaracje, faktury, ewidencje VAT i JPK były poprawnie prowadzone. Warto również zidentyfikować potencjalne obszary ryzyka, zwróć uwagę na transakcje z podmiotami powiązanymi, wnioski o zwrot nadwyżki VAT naliczonego nad należnym.
W powyższym może pomóc doświadczony profesjonalny pełnomocnik podatkowy, np. doradca podatkowy lub radca prawny, który może także reprezentować firmę przed organem podatkowym.
Przedsiębiorcy z Dolnego Śląska mogą skorzystać również z profesjonalnego wsparcia podczas kontroli podatkowej we Wrocławiu, obejmującego m.in. przygotowanie do czynności kontrolnych, kontakt z organem oraz reprezentację podatnika.
Skorzystaj z naszej oferty usług – Kontrole i postępowania podatkowe
Jakie uprawnienia ma organ podczas kontroli celno-skarbowej oraz kontroli podatkowej?
Funkcjonariusze KAS mogą:
- wchodzić na teren firmy bez zapowiedzi,
- zabezpieczać dokumenty i nośniki danych,
- przesłuchiwać pracowników,
- żądać wydania konkretnych dokumentów,
- stosować zabezpieczenia majątkowe.
Czy można zaskarżyć wynik kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej?
Kontrola podatkowa kończy się protokołem kontroli, w której organ przedstawia dokonane ustalenia oraz ich wpływ na rozliczenia kontrolowanego podmiotu. W przypadku kontroli celno-skarbowej sporządzany jest wynik kontroli.
W obu przypadkach możliwe jest wniesienie zastrzeżeń, w których możliwe jest przedstawienie stanowiska.
Czy kontrola celno-skarbowa wymaga wcześniejszego zawiadomienia?
Nie, kontrola celno-skarbowa nie wymaga wcześniejszego zawiadomienia przedsiębiorcy, jest to jedna z istotnych różnic występujących pomiędzy kontrolą podatkową a kontrolą celno-skarbową.
Potrzebujesz wsparcia w trakcie kontroli skarbowej?
Kancelaria podatkowa Warszawa LITIGATO specjalizuje się w reprezentowaniu firm oraz osób fizycznych w kontrolach podatkowych i kontrolach celno-skarbowych. Reprezentujemy przedsiębiorców w sporach z organami podatkowymi i pomagamy zminimalizować ryzyko finansowe oraz prawne.
Skontaktuj się z LITIGATO – nasi doradcy podatkowi pomogą dokonać analizy Twojej sytuacji i przygotować firmę na ewentualne działania organów podatkowych.
Stan prawny lipiec 2026
Opisany w tym wpisie problem przewlekłości kontroli celno-skarbowych – trwających w praktyce miesiącami czy latami – doczekał się od listopada 2025 r. konkretnego, ustawowego przeciwdziałania. Nowelizacja Ordynacji podatkowej wprowadziła art. 54 § 1 pkt 7c, zgodnie z którym jeżeli kontrola podatkowa lub kontrola celno-skarbowa nie zostanie zakończona w terminie 6 miesięcy od jej wszczęcia, odsetki za zwłokę od zaległości ustalonej w toku takiej kontroli po prostu nie są dalej naliczane za okres przekraczający ten termin.
Zmiana dotyczy zarówno kontroli już trwających, jak i nowo wszczynanych, i jest bezpośrednią odpowiedzią na sytuacje opisane w tym wpisie – wieloletnie kontrole celno-skarbowe, w których odsetki narastały przez cały czas trwania sporu, niezależnie od tego, jak długo organ zwlekał z jego zakończeniem.
Dla przedsiębiorcy przygotowującego się do kontroli oznacza to jedno praktyczne wnioski: jeśli kontrola przeciąga się powyżej pół roku, warto już na etapie ewentualnych zastrzeżeń czy dalszego postępowania powołać się na ten przepis i domagać się, by organ nie naliczał odsetek za okres przekraczający ustawowy termin – limity czasu trwania kontroli podatkowej w zależności od wielkości firmy (12/18/24/48 dni roboczych), o których mowa w tym wpisie, pozostały przy tym niezmienione.
Rekomendacje
LITIGATO Spory podatkowe wyróżnione w rankingu firm doradztwa podatkowego w 2022 roku
Wojciech Plawiak – rekomendowany doradca w podatku od nieruchomości
www.litigato.pl – TOP 5 w kategorii Najlepsze strony internetowe
Wojciech Pławiak jest ekspertem BCC w zakresie sporów podatkowych i podatku od nieruchomości.
LITIGATO Spory podatkowe jest członkiem Business Centre Club.
Business Centre Club
Wojciech Pławiak został uznany za najlepszego specjalistę w zakresie podatku od nieruchomości w 2015 r. w prestiżowym X ogólnopolskim rankingu Rzeczpospolitej oraz rekomendowany doradca w kategorii Podatek od nieruchomości w XIII edycji Rankingu za 2019 r.
Rzeczpospolita
