Czas trwania kontroli w roku kalendarzowym nie może przekraczać limitów określonych ustawowo. W przypadku przekroczenia ustawowego limitu – kontrolowany co do zasady ma prawo wnieść sprzeciw wobec podjętych przez organ kontrolujący czynności z naruszeniem przepisów prawa.

Limit czasu trwania kontroli w roku kalendarzowym został określony w ustawie Prawo Przedsiębiorców. Co do zasady, czas trwania kontroli w roku kalendarzowym  nie może przekraczać:

• 12 dni roboczych w odniesieniu do mikroprzedsiębiorcy,
• 18 dni roboczych w odniesieniu do małych przedsiębiorców,
• 24 dni roboczych w odniesieniu do średnich przedsiębiorców,
• 48 dni roboczych w odniesieniu do pozostałych przedsiębiorców.

Zgodnie z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lutego 2020 r., sygn. I FSK 2243/19, moment rozpoczęcia kontroli podatkowej, jak i jej zakończenia, powinien zostać wskazany w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli. Z uwzględnieniem terminu zakończenia kontroli powinny zostać przeprowadzone wszystkie czynności związane z kontrolą, jak również powinien zostać sporządzony i doręczony protokół kontroli.

Mając na uwadze powyżej wskazany wyrok NSA, czas trwania kontroli należy rozumieć jako kolejno następujące po sobie dni robocze. Jeżeli więc kontrola podatkowa trwa dłużej, niż przewiduje to ustawa Prawo przedsiębiorców (przy założeniu, że w trakcie roku przedsiębiorca nie miał innych kontroli), przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania przez organ czynności z naruszeniem przepisów.

Kiedy czas kontroli nie jest limitowany?

Co do zasady, czas kontroli w roku kalendarzowym jest ustawowo limitowany. W niektórych jednak przypadkach, kontrolujący mogą wydłużyć kontrolę.

Przedłużenie kontroli jest możliwe, gdy w jej toku zostanie ujawnione:

• zaniżenie zobowiązania podatkowego w wysokości przekraczającej równowartość 10 % kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego (*nie mniej niż 500 zł),
• zawyżenie starty w wysokości przekraczającej równowartość 50% kwoty zadeklarowanej straty (*nie mniej niż 2500 zł),
• niezłożenie deklaracji pomimo takiego obowiązku.

Przedłużenie kontroli jest jednak limitowane. Czas trwania kontroli przedłużonej nie może przekraczać:

•  24 dni roboczych w odniesieniu do mikroprzedsiębiorców,
•  36 dni roboczych w odniesieniu do małych przedsiębiorców,
•  48 dni roboczych w odniesieniu do średnich przedsiębiorców,
•  96 dni roboczych w odniesieniu do pozostałych przedsiębiorców.

Ponadto, jeżeli wyniki kontroli prowadzonej przez organ podatkowy, wykażą rażące naruszenie przepisów prawa przez kontrolowanego przedsiębiorcę, kontrolujący organ podatkowy ma prawo do przeprowadzenia powtórnej kontroli w tym samym zakresie w danym roku kalendarzowym. Czas tej powtórnej kontroli nie może jednak przekraczać 7 dni, a czasu powtórnej kontroli nie wlicza się do ustawowego limitu, który został omówiony powyżej.

Ponadto pamiętać należy, że limit czasu trwania kontroli podatkowej nie znajdzie zastosowania m.in. w przypadku, gdy:

•  kontrola jest niezbędna dla przeciwdziałania popełnianiu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;
•  kontrola jest skierowana w zasadność dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;
•  kontrola jest skierowana w stronę podmiotów, którym na mocy odrębnych przepisów właściwy organ wydał decyzję o uznaniu prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcji między podmiotami powiązanymi – w zakresie związanym z wykonaniem tej decyzji;
•  kontrola jest skierowana w stronę zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym lub poniesionych w związku z budową pierwszego własnego mieszkania.

Julia Karcz

Radca prawny